Q何らかの理由によってプレイする際にコストが増減されて場に出たカードのコストを参照する場合、その増減された値のコストを参照しますか？

Aいいえ。増減された値のコストではなく、カード記載のコストの値を参照します。
（例：プレイする際にコストを-9して場に出た『フレイムデストロイヤー』のコストを参照する場合、参照するコストの値は9です。）

カードをプレイする際のコストの値を変更する効果は、そのカードのコストの情報を変更するのではなく、そのコストを支払うために必要なPPの値を変更します。
能力テキストにおいて「コスト」や「元のコスト」などでカードのコストの情報を参照する場合、常にそのカードに記載されているコストの値を参照します。
また、エボルヴフォロワーのコストの値を参照する場合、進化前のフォロワーのコストの値を参照します。

Q進化後のフォロワーは、カードの左上にコストの表記が無いためコスト最小のフォロワーとして扱いますか？

Aいいえ。進化後のフォロワーのコストは、進化前のフォロワーのコストと同値であるため、その数値を参照します。

Q相手の場にコスト最小のフォロワーが2体以上あるとき、このフォロワーの【進化時】能力はそれらのフォロワーすべてを破壊しますか？

Aはい。その通りです。