Qこのフォロワーの【進化時】能力によって、『ヘヴンリーイージス』や『封じられし熾天使』を墓場に置くことができますか？

Aはい。墓場に置くことができます。
「墓場に置く」という処理は能力による破壊ではないので、『ヘヴンリーイージス』や『封じられし熾天使』の「これは能力によって破壊されない。」という能力は働きません。