Q【進化時】能力のコストとして自分の墓場の『陰陽の開祖・クオン』を消滅させた場合、自分のデッキから『澄明なる頭脳・博衣こより』を2枚まで探してEXエリアに置くことができますか？

Aはい。『澄明なる頭脳・博衣こより』を2枚までEXエリアに置くことができます。
逆に『澄明なる頭脳・博衣こより』をコストとして消滅させた場合、『陰陽の開祖・クオン』をEXエリアに置くこともできます。