Q自分の場に『魔術の始祖・マナリア』が2体いる状況で、自分が学院・フォロワーをプレイする際、そのコストを-2しますか？

Aはい。それぞれの『魔術の始祖・マナリア』の能力が適用されるため、そのコストを-2します。